El inicio del presente siglo XXI comenzó con el debut oficial del Villarreal CF B. Dos años de existencia y dos ascensos consecutivos hasta alcanzar Preferente Aficionados. 143 goles a favor en 30 partidos en Primera Regional Aficionados, balance de un filial que llegaría a competir temporadas más tarde en Segunda División. Aquella temporada 2000-2001 bajo la batuta de Adriano García logró un éxito reconocido entonces por Fernando Roig Nogueroles, responsable de la cantera grogueta. Ese mismo ejercicio se logró el ascenso del Juvenil A a División de Honor. El filial del Villarreal CF daría el salto a Tercera División la temporada 2002-03.
La temporada del ascenso a Preferente fue de récord. Con una media de 4,76 goles por partido, se logró goleadas como un 13-0 al San Lorenzo de Massamagrell. Andoni llegó a anotar 40 goles. El equipo ganó 26 partidos, empató y perdió otros dos.
